XcodeでiMessage Extensionを追加するときは、「File」 > 「New」 > 「Target...」から簡単に行えますが、、
削除の手順が分からなかったため、Appleのテクニカルサポート（DTS）へ問い合わせを行なった記録です。
削除手順
以下の3手順にしたがって削除していきます。
Xcodeでターゲットを削除する
ターゲットを削除するには、プロジェクトツリーからプロジェクトを選択します。
※ すみません、背面にいたQiitaの緑色が写り込んでしまいました、、 😅
そのあと、ターゲット（iMessage Extension）を選択し、右クリックで削除するのですが、、
「General」の左側にいるアイコンを押すと、こちらのサイドバーが現れます。（はじめ、これに気づくのに苦労しました...）
「Delete」でターゲットは無事に削除されます。
「Manage Schemes...」をクリックしてスキームを削除する
スキームの削除は、トップメニューから行えます。
「Product」 > 「Scheme」 > 「Manage Schemes...」 から管理画面を表示します。
リストの中から該当するもの（今回は iMessage Extension）を選択し、左下のマイナスボタンをクリックします。
「Delete」でスキームが無事に削除されます。
関連するソースコードを削除する
最後に関連するソースコードをプロジェクトツリーから右クリックで削除します。
私の場合は、これだけでした。
まとめ
Appleへの問い合わせは、2018年9月時点のものです。 ※ キャプチャは Xcode 11.1
操作方法などに変更がある場合もありますので、ご注意ください。